中央部门 多领瞒报6.21亿元
近亿假发票 套钱发补贴
审计署报告指出，此次共审计56个中央部门，延伸审计310个所属单位。审计预算支出1224.83亿元，占这些部门预算支出总额的33.23%。
这些部门单位预算执行还不完全到位，预算管理还不够严格和规范。一些部门及所属单位仍存在违反财经制度规定的问题，涉及金额34.84亿元，具体是：挤占挪用财政资金和违规发放津贴补贴10.95亿元；多申领财政资金或瞒报收入和资产等6.21亿元；违规收费及未按规定征缴非税收入等16.26亿元。
报告还显示，接受和使用虚假发票列支问题比较普遍。在抽查已报销的29363张可疑发票中，有5170张为虚假发票，列支金额1.42亿元。其中：8个部门本级和34个所属单位在无真实经济业务背景的情况下，利用虚假发票套取资金9784.14万元，主要用于发放职工福利补贴等；12个部门本级和37个所属单位对票据审核把关不严，接受虚假发票报账4456.66万元。
目前中央部门已纠正自查中发现的各类问题54.40亿元，整改审计中发现的问题2.94亿元，并制定了91条落实审计建议的具体措施。
中央企业
违规决策 损失超8亿
审计报告显示，有8家企业的50家下属单位通过虚列成本、截留收益等方式，将7.49亿元在法定账簿外核算，主要用于发放职工补贴、代职工出资入股等，个别人员涉嫌职务侵占。审计中国航空集团公司、中国华电集团公司等10户中央企业的资产量共计1.2万亿元，占这些企业资产总额的62％。抽查10家企业的重大工程项目投资、资产处置、资本运作等538项决策，发现违规决策30项，造成国有资产损失及潜在损失8.33亿元。
地方财政
684亿 土地资金 未纳入预算
审计发现，11个省区应征未征土地出让金等收入381.81亿元，未将683.99亿元土地专项资金纳入预算管理。
对18个省区的节能减排资金和11个省区的土地专项资金的审计发现，16个省区滞留、闲置节能减排资金9.67亿元；还有20个省区挤占、挪用和套取土地专项资金77.85亿元、节能减排专项资金2.82亿元，主要用于公共工程建设和弥补公用经费等。
审计发现，部分地方违法违规用地问题仍较突出。重点检查的13个城市有10.19万亩土地存在未批先用、违规出让和擅自改变用途等问题。
针对审计的问题，各地完善了48项制度，已追缴、拨付和归还专项资金209.19亿元，收回土地或补办用地审批手续4.31万亩，并给予40名责任人员党纪政纪处分。
民生资金
194县滥发 3.3亿补助
在对城市最低生活保障资金、政府投资保障性住房资金、农业综合开发资金和农村饮用水安全工程资金等民生资金的审计中，发现部分政策在执行中存在偏差。
有194个区县向不符合条件的6.29万户家庭发放城市最低生活保障补助3.3亿元，其中向1.19万户登记拥有个人企业、车辆或2套以上住房的家庭发放7376.65万元；9个城市向705户不符合条件的家庭发放廉租住房租赁补贴86.89万元、分配廉租住房74套。
针对城市最低生活保障资金审计出的问题，有关地方进行了集中清理和核实，已归还被挤占资金824.98万元。
金融机构
违规操作 涉203亿
2009年度中央预算执行和其他财政收支的审计报告显示，一些政策性金融机构违规操作或超范围经营问题比较突出，涉及金额共203.01亿元。如2006年4月至2007年6月，中国农业发展银行乌兰浩特市支行在已取得该市第三粮库经审计的财务报表的情况下，仍依据企业伪造的财务报表，向其发放粮食收购贷款2.85亿元，最终造成8236万元贷款损失。
跟踪审计中国工商银行、中国建设银行和中国银行2009年新增贷款的结构和投向发现，部分新增贷款结构不尽合理，主要是中长期贷款占比高、房地产贷款业务增长快，部分贷款投向不符合规定。
重大项目
违规转包 问题普遍
重大投资项目方面，审计署重点组织对京沪高速铁路、西气东输二线工程西段、金沙江向家坝水电站和1981个扩内需投资项目等进行了跟踪审计和审计调查。
其中发现，招投标管理不严格、违规转分包等问题比较普遍。有的建设单位为获得价差收入，还将部分分项工程层层转分包给不具备相应资质的单位，影响到工程质量。如西气东输二线工程西段截至2009年5月，已签订的36亿多元施工合同中，有近80%未按规定招标，其中1.01亿元被违规直接发包，27亿多元合同的招标中存在人为拆分标段、违规确定中标人等问题。